NFL sezona 2006. je 87. po redu sezona nacionalne lige američkog nogometa.
Sezona je počela 7. rujna 2006. pobjedom branitelja naslova iz prethodne sezone Pittsburgh Steelersa nad Miami Dolphinsima.[1] Super Bowl XLI je bio završna utakmica sezone, u kojoj su se 4. veljače 2007. u Miamiju u Floridi na Dolphin Stadiumu sastali pobjednici AFC konferencije Indianapolis Coltsi i pobjednici NFC konferencije Chicago Bearsi. Pobijedili su Coltsi rezultatom 29:17 i tako osvojili svoj peti naslov prvaka u povijesti. Coltsima je također to prvi naslov prvaka od preseljenja momčadi u Indianapolis iz Baltimorea 1984. godine.[2]